با حکم رهبر معظم انقلاب اسلامی در تاریخ ۱۳۶۸/۰۶/۱۵، نام این نهاد به "بنیاد مستضعفان و جانبازان انقلاب اسلامی" تغییر یافت و آقای محسن رفیقدوست به ریاست آن منصوب گردید.
بسم الله الرحمن الرحیم
«جناب آقای محسن رفیقدوست دامت تاییداته
با توجه به استعفای جناب آقای میر حسین موسوی حفظه ا.. از ریاست بنیاد مستضعفان و جانبازان و با عنایت به سوابق درخشان کار و مدیریت جنابعالی در مشاغل مختلف و کشش و علاقه وافری که به خدمتگزاری نسبت به جانبازان عزیز دارید شما را به مدت ۳ سال به ریاست بنیاد مزبور منصوب می‌کنم. مطلب عمده آن است که کلیه امکانات و دارایی‌های موجود در این بنیاد را با کوشش و تلاش پیگیر و با دقت وافی مورد بهره‌برداری قرار داده، از عواید آن در درجه اول برای تأمین نیاز جانبازان عزیز - که شهدای زنده انقلاب و یادگارهای ارزنده ده‌سال مقاومت ملت ایران می‌باشند استفاده نمایید.البته کل عواید این بنیاد باید برای امور مادی و فرهنگی مستضعفان به کار رود. لازم می‌دانم از زحمات جناب آقای موسوی که در طول مدت نخست وزیری ریاست عالیه این بنیاد را بر عهده داشتند تشکر کنم. انتظار می‌رود در این مسئولیت مهم از همکاری دستگاه‌های ذیربط و نیز عناصر کارآمد و متعهد و مؤمن برخوردار شوید. توفیق شما را از خداوند متعال مسئلت می‌نماییم»
سیدعلی خامنه‌ای
بسم الله الرحمن الرحیم
«جناب آقاى حاج محسن آقا رفیقدوست
با تشکر از تلاش موفق جناب‌عالى در حفظ و احیا و افزایش موجودى و درآمد بنیاد مستضعفان و جانبازان و خدماتى که از آن محل به محرومین و جانبازان عزیز و مصالح عمومى کشور شده است جناب‌عالى را مجدداً براى مدت دو سال به مدیریت این بنیاد منصوب مى‌کنم و تأکید مى‌کنم که تأمین نیاز و رفاه جانبازان از جهت مادى و معنوى در نظر این‌جانب از همه چیز مهمتر است و اگر وقتى اتفاق بیفتد که درآمدها بنیاد براى انجام برنامه‌هاى خدماتى آن عزیزان کافى نباشد حتى لازم است از سرمایه‌ى موجود صرف این عزیزان گردد.
توفیق شما و همکارانتان را در راه خدمت به ایثارگران و محرومان مسألت مى‌کنم.»
سید علی خامنه ای 15/6/1371
حکم ایشان از سوی مقام معظم رهبری در دفعات متعدد تمدید گردید.