مورخ ۱۳۶۰/۰۹/۱۳ با شهادت جناب آقای محمد علی رجایی، طی حکمی از سوی امام (ره) جناب آقای میر حسین موسوی نخست وزیر وقت به عنوان مسئول جدید بنیاد منصوب گردید .
بسم الله الرحمن الرحیم
«جناب آقای میرحسین موسوی نخست وزیر ایدهم ا.. تعالی
جنابعالی را مسئول جدید بنیاد مستضعفین قرار می‌دهم. امیدوارم زیر نظر اشخاص متدین و متعهد و کاردان، این بنیاد را به نفع مستضعفان اداره نمائید. انشا ا... در خدمت به اسلام و مسلمین خصوصاً مستضعفین موفق باشید . »
والسلام علیکم روح ا... موسوی الخمینی
در مهر ماه ۱۳۶۱ ، آقای سید مهدی طباطبایی از سوی آقای میر حسین موسوی (نخست وزیر وقت) به سمت سرپرست بنیاد، منصوب گردید. اواخر سال ۱۳۶۳ از سوی مهندس موسوی نخست وزیر وقت، آقای مهندس طهماسب مظاهری به سمت معاون نخست وزیر و سرپرست جدید بنیاد منصوب شد.
تغییرنام بنیاد
در تاریخ ۱۳۶۷/۰۳/۰۹ ، با صدور فرمانی از سوی رهبر کبیر انقلاب اسلامی خطاب به نخست وزیر وقت، نام بنیاد مستضعفان، به بنیاد جانبازان تغییر یافت.
بسم الله الرحمن الرحیم
«جناب آقای میرحسین موسوی نخست وزیر ایدهم ا.. تعالی
جناب عالی را مسئول اداره کلیه امور جانبازان عزیز نمودم که با استفاده از همکاری و تجربیات بنیاد شهید انقلاب اسلامی و جانبازان و نیز اختصاص بهترین امکانات بنیاد مستضعفان به ایجاد تشکیلات جدیدی، در این امر مقدس و بزرگ همت گمارید و امید است با درایت و تقوا و تعهدی که در شما سراغ دارم به تمامی امور این حماسه سازان و شهیدان زنده انقلاب اسلامی رسیدگی کامل گردد و بنیاد شهید انقلاب اسلامی نیز همچون گذشته با فراغت و امکانات بیشتر امور خانواده‌های معظم شهدا، مفقودین و اسرا را دنبال نماید... » (سوم آذر ۶۷ )»
والسلام علیکم روح ا... موسوی الخمینی
اوایل سال ۱۳۶۸طی حکمی از سوی نخست وزیر (میر حسین موسوی) آقای مهندس محمد باقریان به سمت معاون نخست وزیر در امور جانبازان انقلاب اسلامی و عضو هیات سرپرستی بنیاد جانبازان ، منصوب گردید.