معاونت پژوهش گردآوری اطلاعات جدید و تحقیق در زمینه های مورد نیاز موسسه و ارائه پروژه های تحقیقاتی با استناد به مدارک تاریخی و بهره گیری از منابع نویافته و اطلاعات شفاهی را عهده دار است. زیرمجموعه های این معاونت به شرح زیر است:
الف – ترجمه: ترجمه اسناد و مقالات از زبانهای انگلیسی و فرانسه به فارسی و ترجمه کتب و منابع دست اول و معتبر در زمینه تاریخ معاصر ایران.
ب – تاریخ شفاهی : ثبت و ضبط اطلاعات شفاهی رجال موثر در تحولات چند دهه اخیر.
پ – فصلنامه تاریخ معاصر ایران: جمع آوری مطالب از نویسندگان، محققین و مترجمین به صورت مقاله، خاطرات، اسناد، نسخه شناسی تاریخ معاصر ایران، نقد و بررسی کتاب و انتخاب مطالب مورد نظر برای چاپ در فصلنامه توسط هیئت تحریریه فصلنامه.